Istoricul unei instituţii, ca şi vieţile oamenilor, îşi are meandrele sale, cu suişuri şi coborâşuri, cu ezitări, acţiuni sigure şi bine motivate, cu momente de succes entuziast sau de disperare. Născută în tumultul anilor 1990-1991, Universitatea „Apollonia” nu a fost scutită de astfel de evenimente. Istoria Universităţii „Apollonia” din Iaşi a început în anul 1991, mai precis, actul său de naştere a fost semnat în iarna acelui an, când mai mulţi membri ai Fundaţiei „Sfânta Apollonia” au hotărât fondarea unei instituţii academice.

Sediul universităţii a fost instalat la începutul străzii Ştefan cel Mare, la numărul 2, imediat lângă Piaţa Unirii. Preşedintele de atunci al fundaţiei omonime a propus ca universitatea să se numească Apollonia după numele sfintei care este considerată protectoarea bolnavilor cu suferinţe dentare şi a celor care îi îngrijesc pe aceştia.

Poate că este bine să spunem câteva cuvinte despre această imaculată sfântă care a fost un model de demnitate şi credinţă. Evenimentele s-au petrecut în anul 234 după Hristos, când Apollonia a fost martirizată. Trăia în Alexandria, avea 14 ani şi a hotărât să se creştineze în pofida familiei sale (tatăl său era dregător în Alexandria). Mulţimea incitată de curentul anticreştin din oraş a întemniţat-o şi a încercat să o determine să renunţe la credinţa în Hristos. Temniţa, privaţiunea şi schingiuirile nu au putut schimba hotărârea Apolloniei de a rămâne slujitoare a lui Hristos. Adusă în faţa mulţimii dezlănţuite i s-a promis libertatea în schimbul renunţării, iar pentru că răpunsul a fost negativ, schingiuitorii i-au smuls dinţii. În acel moment, martira s-a aruncat în flăcările rugului aprins pentru ea, strigând : „Dumnezeu va pune capăt suferinţelor mele”. De aici şi credinţa că Sfânta Apollonia îi protejează pe bolnavii cu suferinţe în sfera oro-maxilo-facială. Este înfăţişată adeseori cu un instrument al profesiei şi o carte în mână, în timp ce flăcările îi cuprind trupul. În temeiul acestor considerente, mai târziu, în Evul Mediu, breasla dentiştilor a adoptat-o drept protectoare.

Instituţia purtând numele Apolloniei şi-a deschis porţile cu scopul pregătirii de medici stomatologi, tehnicieni dentari şi asistenţi medicali. Pe parcursul activităţii a mai fost autorizată o Facultate de Relaţii Publice şi Ştiinţe ale Comunicării cu două secţiuni :Jurnalism şi de Comunicare şi Relaţii publice.

Este meritul comunităţii academice formate din cadre didactice şi studenţi care, la începutul lunii septembrie 2009, sub monitorizarea Fundaţiei „Sfânta Apollonia” au hotărât să dea un curs nou vieţii academice având drept ţel instaurarea în universitate a unui climat de profesionalism, onestitate, rigoare, în respectul legii şi a menirii instituţiei. Într-un timp record, universitatea a fost reorganizată, curricula actualizată iar mecanismele academice au fost supuse controlului, bazat pe regulamente aprobate de Senat. Au fost create departamente noi în concordanţă cu cerinţele unei vieţi academice dinamice, moderne: departamentul de asigurare a calităţii, strategii şi dezvoltare academică, relaţii externe, programe europene, o editură, biblioteca a fost modernizată, un institut de cercetări a luat naştere etc. Mecanismele conducerii cultivă democraţia academică, studenţii şi cadrele didactice participând deopotrivă la luarea deciziilor. Dinamica schimbărilor la care întreaga comunitate a aderat are un ritm alert, partitura se rescrie cu participarea întregului corp didactic în cadrul unui „management total” al resurselor umane care include o bună parte a studenţilor.

Studenţii s-au organizat în asociaţii studenţeşti. Reprezentanţii lor fac parte din toate forurile de conducere academică. Un ziar studenţesc, Nova Apollonia, redactat de studenţii facultăţii de Jurnalism şi Ştiinţe ale Comunicării a luat naştere ca tribună a vieţii studenţeşti din Universitatea „Apollonia”.

Începând cu anul universitar 2010 – 2011, în cadrul Facultăţii de Medicină Dentară funcționează și programele de studii Balneofiziokinetoterapie şi recuperare şi de Asistenţă Medicală Generală.

Actualmente structura academică a Universității „Apollonia” din Iași, în conformitate cu H.G. 883 /2021 cuprinde: Facultatea de Medicină Dentară cu programele de studii –Medicină Dentară (cursuri zi, 6 ani – autorizată – încredere), Tehnică Dentară (cursuri zi, 3 ani – acreditată – încredere), Asistenţă Medicală Generală (cursuri zi, 4 ani – acreditată – încredere), Balneofiziokinetoterapie şi recuperare (cursuri zi, 3 ani – autorizată – încredere) și Facultatea de Ştiinţe ale Comunicării cu programele de studii – Comunicare şi Relaţii Publice (cursuri zi, 3 ani – acreditat – încredere),  Jurnalism (cursuri zi, 3 ani – acreditat – încredere). În anul universitar 2020-2021 universitatea a primit acreditare pentru Programul de masterat Comunicare instituțională – nou domeniu de masterat.